An integrated genomic and genetic approach of industrial yeast traits

Informations

Funding country

France

Acronym

GENYEASTRAIT

URL

-

Start date

11/16/2007

End date

-

Budget

370,000 EUR

Fundings

Abstract

L'objectif du projet est d'acquérir des connaissances sur les bases moléculaires des propriétés des levures industrielles ¿nologiques Saccharaomyces cerevisiae. Ces souches de levures présentent des capacités fermentaires et des propriétés métaboliques qui les distinguent clairement des souches de laboratoire sur lesquelles ont été focalisées les recherches en génomique. Les bases génétiques des différences de propriétés entre ces souches et leurs homologues de laboratoire ne sont pas connues. Il est reconnu que le polymorphisme génétique est impliqué dans ces propriétés particulières. Ce projet vise à identifier les polymorphismes de séquence impliqués dans les propriétés de ces souches en s'attachant plus particulièrement à considérer le rôle des variation d'expression dans ces phénotypes. Ce projet s'inscrit dans une dynamique générale qui vise à mieux comprendre les bases moléculaires de la biodiversité intra-spécifique chez la levure. - - Ce projet s'appuiera sur l'intégration de trois types d'approches, deux approches dites de génétique- génomique qui viseront à identifier, en parallèle, des QTL impliqués dans des traits technologiques ou dans des variations d'expression géniques à l'échelle du transcriptome, associées à une analyse de la séquence du génome de la souche industrielle en question. La conduite, en parallèle, d'une recherche de QTL des variation d'expression et celle de QTL des phénotypes « fermentaire » devrait faciliter l'identification des gènes impliqués dans traits technologiques. Par ailleurs, l'identification des QTL d'expression devrait ouvrir la voie au décryptage des variations dans les réseaux de régulation qui sous-tendent les variations d'expression géniques et éventuellement les phénotypes des souches. - Ce projet s'appuiera aussi sur une analyse fine du génome d'une souche industrielle qui vient d'être séquencé. Ceci devrait permettre d'explorer les relations entre les polymorphismes de séquence et les variations d'expression à l'échelle du génome. Les facilités de manipulation de la levure doivent égalemnt permettre d'obtenir la validation fonctionnelle des gènes candidats. Ce travail s'inscrit donc dans une démarche d'analyse fonctionnelle de ce nouveau génome. - - Les connaissances générées, tant sur la nature des gènes affectés, que sur les mécanismes moléculaires impliqués, devraient apporter une vue nouvelle sur les modalités d'adaptation des levures industrielles aux conditions environnementales difficiles. Ces travaux devraient aussi aider à fixer un cadre pertinent pour des études plus larges des relations entre les variations génétiques et variations phénotypiques chez ces souches. L'identification de gènes clés des propriétés des souches présentera un intérêt appliqué en relation avec les possibilités offertes en terme d'amélioration des souches. - ...