Biodiversity and Functional Genomics of Endogenous Small RNAs Induced by Bitotic and Abiotic Stresses in Plants (PLASMAR)

Informations

Funding country

France

Acronym

PLASMAR

URL

-

Start date

11/4/2005

End date

11/4/2007

Budget

94,000 EUR

Fundings

Abstract

Le but du projet est une étude exhaustive de la diversité et des fonctions biologiques exercées par les effecteurs du RNA silencing chez les plantes, ces effecteurs étant de petites molécules endogènes d’ARN de 21-24nt de longueur. L’état de nos connaissances sur les fonctions de ces petits ARNs chez les plantes demeure à présent très limité. En particulier, leur implication probable dans l’intégration rapide des réponses aux stress biotiques et abiotiques n’a pas été mesurée jusqu’à présent. Afin de répondre à ces questions, nous proposons de mettre en oeuvre une stratégie intégrée mêlant des approches expérimentales et bio-informatiques, afin de développer un ensemble d’outils avancés nous permettant d’élucider la génomique fonctionnelle des petits ARNs chez les plantes. Notre stratégie se base sur l’élaboration de banques de petits ARNs isolés à partir de plantes ayant été soumises à divers types de stress, chez la tomate et chez l’espèce modèle Arabidopsis thaliana. Les informations ainsi générées seront utilisées pour rechercher les gènes qui sont possiblement régulés par les petits RNA spécifiquement induits par les stress ci-dessus. Ces informations serviront aussi au développement d’algorithmes bio-informatiques permettant de prédire et modéliser les précurseurs de ces petits ARN stress-spécifiques, ainsi que d’identifier les éléments régulateurs présents dans leurs séquences promotrices. Après confirmation expérimentale dans les deux espèces de plante mentionnées, il est prévu d’élargir ce projet à d’autres espèces afin de mesurer la conservation et/ou la diversification des processus de régulation identifiés, afin de découvrir, notamment, des adaptations spécifiques chez certaines familles de plantes. Compte tenu des limites budgétaires imposées après décision positive du comité trilatéral d’évaluation, ce dernier aspect sera moins développé, au moins dans la première phase du projet